Почему поступают две выплаты за больничный?

Это зависит от причины нетрудоспособности

Если больничный выдан в случае болезни или в том случае, если работник получил травму, не связанную с производством, то, как и прежде, оплата первых трех дней временной нетрудоспособности производится работодателем за счет своих средств, а начиная с четвертого дня временной нетрудоспособности – за счет средств Фонда социального страхования (ФСС).  В этих случаях выплаты поступают двумя суммами.
За первые три дня больничного деньги поступают от работодателя в сроки, установленные для выдачи заработной платы, за остальные дни - от регионального отделения ФСС в течение 10 календарных дней с момента представления работодателем сведений в ФСС.
 
Если больничный выдан в случаях ухода за больным членом семьи (в том числе, за ребенком), карантина, протезирования в стационаре, долечивания в санатории после стационара, травмы на производстве либо профессионального заболевания, то назначение и выплату по больничному листку полностью производит региональное отделение ФСС. Выплаты поступают одной суммой от регионального отделения ФСС в течение 10 календарных дней с момента представления работодателем сведений.